\Templates\*.dwt のテンプレートファイルは、Dreamweaverまたはエクスプローラーでコピー、複製して利用することができます
複製元の *.dwt に関連付いている *.html ファイルに対し、複製した *.dwt が影響を及ぼすことはありません
複製した *.dwt は通常のテンプレートファイルとして利用できます
テンプレートの構成が似ている際は、複製、編集、リネームで素早く作成します

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0

以下、エラーダイアログの文言
↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓
編集可能にマークされていないコードに変更を加えました。これらの変更を保持しても、次回のテンプレート適用時にファイルが更新されて、これらの変更は失われます。それまで変更を保持しますか?
[はい(Y)]　[いいえ(N)]
↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑↑

「はい」で保存しても保存されていなかったりします。
期待通りには動かないので、「はい」「いいえ」「×」のどれを押しても関係ないかもしれません。
何が起こるかわからないのでやり直したほうが早い気がしています。

私が行っていること。
・PCの再起動。
・作業時間が短いのなら一からやり直す。

以下を常日頃から意識しています。
・こまめにCtrl＋Sで保存をしておく。
・不要なタブは閉じておく。

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0

Dreamweaverでサイト定義をする方法
[操作手順]
→F8キー（トグル）を押してファイルメニュー（多くの場合は右端に表示されます）を開く

→ファイルタブの真下のメニューボックスへアクセスする

→「サイトの管理」を選択する

→「新規作成」＞サイト の順に選択する

→「サイト名」を決定する

→「ローカルルートフォルダ」選択して、定義したいサイトのディレクトリを選択して、OK＞終了
※バグ対策でディレクトリを一階層深く掘って設定します

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0

[操作手順]
→Dreamweaverを起動して、サイトの管理から「サイト定義」を済ませる

→ファイル＞新規 の順にアクセスすると、「新規ドキュメント」の窓が表示される
※Ctrl＋N を押しても同様です

→「テンプレートから作成」＞サイトの順にアクセスし、サイトのテンプレートを選び、作成ボタンを押す

→新規ドキュメントが「Untitled」の状態でタブ上に作成される
※まだファイルとしては保存されていません

→ファイル＞保存 の順にアクセスして、名前を付けて保存する
※Ctrl＋Sを押しても同様です

→以上の操作で、*.dwtテンプレートファイルに紐付くhtmlファイルが作成されました
以後は、*.dwtテンプレートファイルを編集すると、htmlファイルも連動します

[参考]
http://www.adobe.com/jp/devnet/dreamweaver/articles/using_template_part1.html

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0

[操作手順]
→Dreamweaverを起動して、サイトの管理から「サイト定義」を済ませておく

→テンプレートにするHTMLファイル開く、または新規作成する

→エディタビューにて、編集を可能とする領域をマウスで選択反転させる

→挿入＞テンプレートオブジェクト＞編集可能領域　の順にアクセスする

→「新規編集可能領域」の窓が表示されるので、名前を付けてOKを押す
例）EditMain

→ファイル＞テンプレートとして保存 を選択し、名前を付けて、保存する
※Ctrl＋S を押してもテンプレートとして保存できます

→Templatesフォルダの中に、*.dwtファイルが作成される

[参考]
http://www.adobe.com/jp/devnet/dreamweaver/articles/using_template_part1.html

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0

[操作手順]
→Dreamweaverを起動する

→適当なファイルを開く

→表示＞コードビューオプション＞行番号 にチェックを入れる

→ソースコードの左側に行番号が表示される

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Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0