以下、2015年9月18日現在の登録方法です
例として、http://www.sample.co.jp/ を登録する手順を記載します

 

[操作手順]
→Googleウェブマスターツールにアクセスする
https://www.google.com/webmasters/

→[Search Console]にログインする
※Googleアカウント未登録の場合は別途新規取得します

→「Search Console へようこそ」画面が現れる
テキストボックスへ http://www.sample.co.jp/ を入力して、[プロパティを追加]ボタンを押す

→「別の方法」をクリック
「HTML ファイルをアップロード」を選択する

→以下、Googleの説明に従う
> 1. この HTML 確認ファイル （googleXXXXXXXXXXXXXXXX.html）をダウンロードします。
>
> 2. 確認ファイルを http://www.sample.co.jp/ にアップロードします。
>
> 3. ブラウザで http://www.sample.co.jp/googleXXXXXXXXXXXXXXXX.html にアクセスして、アップロードが正しく行われたことを確認します。
>
> 4. 以下の [確認] をクリックします。
>
> 確認状態を維持するには、確認が完了しても HTML ファイルを削除しないでください。

→[確認]ボタンを押すと、以下が表示される
> http://www.sample.co.jp/ の所有権が確認されました。
> 続行

→[続行]リンクを押すと総合メニューへ飛ぶ
この時点で登録は完了しています