Dreamweaver

Dreamweaverの「編集可能にマークされていないコードに変更を加えました。～」のエラー窓について

以下、エラーダイアログの文言
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編集可能にマークされていないコードに変更を加えました。これらの変更を保持しても、次回のテンプレート適用時にファイルが更新されて、これらの変更は失われます。それまで変更を保持しますか?
[はい(Y)]　[いいえ(N)]
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「はい」で保存しても保存されていなかったりします。
期待通りには動かないので、「はい」「いいえ」「×」のどれを押しても関係ないかもしれません。
何が起こるかわからないのでやり直したほうが早い気がしています。

私が行っていること。
・PCの再起動。
・作業時間が短いのなら一からやり直す。

以下を常日頃から意識しています。
・こまめにCtrl＋Sで保存をしておく。
・不要なタブは閉じておく。

[PC環境]
Windows 7 SP1
Dreamweaver CS3 9.0